Ambientato nel 1949 e, con la Seconda Guerra Mondiale ormai alle spalle, il Giappone tenta ancora di rialzarsi dalle ferite lasciate dal conflitto e dall'ultima apparizione di Godzilla. Ma quando il mostro riemerge ancora più terrificante, la minaccia travolge nuovamente il Paese. L'ex pilota Koichi e Noriko si troveranno ancora una volta al centro di una disperata lotta per la sopravvivenza, mentre il re dei mostri semina distruzione su scala mai vista prima.